提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
中央广播电视总台“央博”数字文化艺术博物馆上线******
中新网北京1月18日电 (记者 高凯)18日,中央广播电视总台数字文化艺术博物馆“央博”平台上线暨“央博新春云庙会”发布仪式在京举行。“央博”平台将于1月21日(大年三十)正式上线,“新春云庙会”元宇宙体验活动也将同步推出。
据介绍,中央广播电视总台“央博”数字文化艺术博物馆于2022年7月23日启动建设,旨在打造汇集各类国家级文化资源的数字融媒体平台。用户在这里既可以观赏当前的热点文化节目,浏览第一手的文化资讯,又可以进入文化名家的数字展馆欣赏经典作品,还可以学习“书画游学”“艺林春秋”等美育课程。“央博”平台还为用户量身打造具有时代感的文博科技体验,用户可以随时随地选择自己的“数字分身”,“一键”进入元宇宙,穿梭至不同时空,探寻相关文化成果。
将于大年三十上线的“央博新春云庙会”元宇宙体验活动借助数字化技术,将民俗、非遗文化知识与交互功能相结合,为受众打造一个全新的文化云社交场。用户可沉浸式参与写福字、舞狮子、踩高跷、猜灯谜、放烟花、听戏曲、逛市集等传统民俗活动,一起寻找儿时的记忆和乐趣。同时,为突出兔年主题与“央博”特色,以《千里江山图》、西周兔尊、凌家滩玉兔等文物为灵感打造的“央博五兔”将亮相云庙会,央博数智主理人“央小央”也将同屏出现,与用户朋友们精彩互动。云庙会还将打造“九州同乐园”数字非遗民俗文化IP,集中展示全国各地的文化数字化成果,为全球华人创造一个突破时空限制的、喜庆祥和的“中国年”庙会场景。(完)